Sulama bonsai bitkileri için ana yönetim görevlerinden biridir. Sulamak basit gibi görünse de doğru şekilde sulamak kolay değildir. Bitki türüne, mevsim değişikliklerine, büyüme dönemine, çiçeklenme dönemine, dinlenme dönemine ve bitkinin hava şartlarına göre sulama yapılmalıdır. Sulama süresine ve miktarına hakim olmak bitkilerin büyümesi için çok önemlidir. Bazı bonsai bitkilerinin ölümü doğrudan yanlış sulamayla ilgilidir.

Saksı toprağı, saksı bitkilerine su ve besin sağlamanın yanı sıra, bitkilerin normal hava solumasını da sağlar. Saksı toprağı yeterli neme sahip olduğunda, toprak parçacıkları genişleyerek parçacıklar arasındaki boşluklardaki havayı sıkıştırarak saksı toprağında hava eksikliğine neden olur; saksı toprağı kuru veya nispeten kuru olduğunda toprak parçacıkları küçülür, hacim küçülür ve parçacıklar arasında boşluklar yeniden ortaya çıkar. Boşluklar hava ile doldurulur.

Toprak kuru ve ıslak arasında değiştikçe saksı toprağındaki hava da sürekli olarak dolaşarak bitki köklerinin normal şekilde nefes almasını sağlar. Her sulamadan sonra bitkinin kökleri saksı toprağındaki oksijen eksikliğini kısa süre içerisinde tolere edebilecek duruma gelecektir. Ancak saksı toprağı uzun süre çok ıslak kalırsa, uzun süreli oksijen eksikliğine neden olur, kök erozyonuna ve diğer hastalıklara neden olur; Toprak uzun süre kuru kalırsa saksı toprağında yeterli oksijen olmasına rağmen bitkiler uzun süre suyu ememez, bu da bitkilerin büyümesine zarar verir, hatta ölmelerine bile neden olabilir. Bu nedenle bonsai bitkilerini sularken "kuruyken sulamayın, iyice sulayın" ilkesine uyulmalıdır.

Bitkilerin yetersiz sulanması ve kurutulması, dalların solmasına ve sarkmasına, yaprakların solmasına, sararmasına ve dökülmesine neden olur. İğne yapraklı türlerde iğneler yumuşayacak ve güçlü ve dikenli hissini kaybedecektir. Su kıtlığı şiddetli olduğunda dalcıkların korteksi tüyler diken diken olur gibi büzülür. Yaz aylarında bu durumla karşılaşırsanız bitkiyi hemen gölge bir yere taşımalısınız. Sıcaklık düştükten sonra önce yaprakların üzerine su püskürtün, ardından tencereye bir miktar su dökün ve bir saat sonra suyu iyice dökün.

Ciddi derecede susuz kalmış bitkiler için, bir kerede yeterince su vermediğinizden emin olun, çünkü bitki ciddi derecede susuz kaldığında kök korteksi küçülür ve ksileme yakınlaşır. Aniden çok miktarda su verilirse, suyun hızla emilmesi nedeniyle kök sistemi genişleyerek korteksin yırtılmasına ve bitkinin ölmesine neden olur, bu nedenle kademeli bir adaptasyon sürecinin olması gerekir. Ciddi derecede su sıkıntısı çeken bitkiler yukarıdaki tedaviden geçtikten sonra, onları birkaç gün gölge bir yerde tutmak ve güçlendikten sonra güneşte yetiştirmek en iyisidir. Ancak aşırı sulamayın. Aşırı sulama, bitkilerin dik büyümesine neden olmasının yanı sıra, ağacın şeklini ve süs değerini etkilemesinin yanı sıra, kolayca kök çürümesine ve ölüme de neden olabilir. Minyatür bonsai saksıları daha az toprağa ihtiyaç duyar, bu nedenle onları doğru zamanda ve doğru miktarda sulamak özellikle önemlidir.